2016赛季是AFLC的第四个赛季，北京铁瓷兄弟、重庆半人马、合肥帝鳄、上海复旦龙骑兵四支球队新加入联盟。
联赛分为东、西、南三个分区，常规赛每支球队进行分区内四场比赛。东区六支球队根据实力分为两档，每档内部相互比赛，并与另一档三支球队中的两支进行比赛；西区三支球队进行双循环；东区五支球队进行单循环。东区前三、西区前二和南区前三进入季后赛八强。在常规赛排名细节中，单场有效净胜分限制为最多21分。
| 常规赛排名 | |||
| 东区 | 胜 | 负 | 净胜分 |
| 上海勇士 | 4 | 0 | 69 |
| 上海泰坦 | 3 | 1 | 45 |
| 上海夜鹰 | 2 | 2 | -8 |
| 北京铁瓷 | 2 | 2 | 20 |
| 合肥帝鳄 | 1 | 3 | -61 |
| 复旦龙骑兵 | 0 | 4 | -65 |
| * 上海夜鹰以相互胜负关系占先 | |||
| 西区 | 胜 | 负 | 净胜分 |
| 成都熊猫人 | 3 | 1 | 59 |
| 重庆码头工 | 3 | 1 | 25 |
| 重庆半人马 | 0 | 4 | -84 |
| * 成都熊猫人以相互净胜分关系占先 | |||
| 南区 | 胜 | 负 | 净胜分 |
| 香港战鹰 | 3 | 1 | 17 |
| 广州阿帕奇 | 2 | 2 | -1 |
| 广州兕虎 | 2 | 2 | 23 |
| 香港眼镜蛇 | 2 | 2 | -5 |
| 香港杀人鲸 | 1 | 3 | -34 |
| * 三队同战绩中，香港眼镜蛇以三队间相互净胜分关系首先被淘汰，然后广州阿帕奇以相互胜负关系占先 | |||
| 常规赛 | |||
| 八月 | |||
| 08.13 | 香港战鹰 | 24-18 | 广州阿帕奇 |
| 08.20 | 重庆码头工 | 16-12 | 成都熊猫人 |
| 08.27 | 北京铁瓷 | 12-28 | 上海勇士 |
| 08.28 | 上海泰坦 | 32-8 | 上海夜鹰 |
| 九月 | |||
| 09.03 | 复旦龙骑兵 | 20-22 | 合肥帝鳄 |
| 09.03 | 广州阿帕奇 | 0-9 | 香港眼镜蛇 |
| 09.04 | 广州兕虎 | 36-20 | 香港杀人鲸 |
| 09.10 | 上海泰坦 | 16-34 | 上海勇士 |
| 09.11 | 重庆半人马 | 14-40 | 重庆码头工 |
| 09.17 | 合肥帝鳄 | 0-30 | 北京铁瓷 |
| 09.17 | 香港战鹰 | 20-0 | 香港眼镜蛇 |
| 09.17 | 上海夜鹰 | 81-0 | 复旦龙骑兵 |
| 09.24 | 重庆半人马 | 0-56 | 成都熊猫人 |
| 09.25 | 广州阿帕奇 | 20-12 | 香港杀人鲸 |
| 十月 | |||
| 10.15 | 合肥帝鳄 | 0-48 | 上海泰坦 |
| 10.15 | 重庆码头工 | 58-8 | 重庆半人马 |
| 10.15 | 上海夜鹰 | 6-20 | 上海勇士 |
| 10.16 | 北京铁瓷 | 28-0 | 复旦龙骑兵 |
| 10.16 | 广州兕虎 | 18-19 | 香港战鹰 |
| 10.29 | 香港眼镜蛇 | 0-14 | 广州兕虎 |
| 10.29 | 成都熊猫人 | 56-14 | 重庆码头工 |
| 10.30 | 北京铁瓷 | 14-20 | 上海夜鹰 |
| 10.30 | 香港杀人鲸 | 10-0 | 香港战鹰 |
| 十一月 | |||
| 11.05 | 合肥帝鳄 | 8-44 | 上海勇士 |
| 11.12 | 成都熊猫人 | 38-8 | 重庆半人马 |
| 11.12 | 广州阿帕奇 | 9-3(2OT) | 广州兕虎 |
| 11.12 | 香港眼镜蛇 | 28-8 | 香港杀人鲸 |
| 11.13 | 复旦龙骑兵 | 6-64 | 上海泰坦 |
| 四分之一决赛 | |||
| 11.26 | 上海勇士(E1) | 14-28 | 上海夜鹰(E3) |
| 11.27 | 香港战鹰(S1) | 8-20 | 广州兕虎(S3) |
| 12.03 | 广州阿帕奇(S2) | 16-26 | 成都熊猫人(W1) |
| 12.03 | 上海泰坦(E2) | 38-6 | 重庆码头工(W2) |
| 半决赛 | |||
| 12.17 | 成都熊猫人(W1) | 14-20 | 上海夜鹰(E3) |
| 12.17 | 上海泰坦(E2) | 24-23 | 广州兕虎(S3) |
| 决赛 | |||
| 01.14 | 上海泰坦(E2) | 28-6 | 上海夜鹰(E3) |
冠军：
上海泰坦